Les Conseils APF de région ont été mis en place par décision du Conseil d'Administration en sa séance du 27 avril 2007 avec la réorganisation des entités politiques et le besoin de créer un échelon supplémentaire complétant l'action des Conseils départementaux et prenant en charge les revendications relevant de la compétence administrative régionale.
Le quotidien des personnes en situation de handicap est fortement impacté par l'action de la Région tant au point de vue de l'aménagement du territoire que par les transports, le développement économique et social, l'emploi, l'éducation, la formation, le tourisme, la culture, la santé et l'action sociale.
Dépendant de la Direction Régionale du Grand Est Alsace-Lorraine, le Conseil APF de la région Alsace a commencé à se structurer en 2008 avec la nomination de représentants titulaires et de suppléants par des élections internes. Après la répartition des fonctions dans différents domaines, le Conseil s'est attaché à l'élaboration d'un plan d'amélioration de l'accessibilité en retenant en particulier l'Écomusée d'Ungersheim.
L'année 2009 a été marquée par la collaboration aux commissions de l'ARS ainsi que par un travail de mobilisation régionale pour la grande manifestation du 27 mars 2010 du collectif « Ni pauvre, ni soumis » couronnée de succès.
2010 a vu la création du Comité d'entente Régional de 21 associations ayant dans sa charte et son règlement intérieur le but d'organiser et de coordonner la représentation collective et la défense des personnes handicapées et de leur famille dans les instances régionales.
Lors des élections régionales de mars 2010, le Conseil a interpellé tous les candidats sur les problématiques chères à l'APF et replacé ainsi le handicap au cœur des préoccupations (réflexe handicap). Cette démarche a d'ailleurs été suivie, en 2011, de rencontres et d'échanges intéressants avec le Conseil Régional d'Alsace qui souhaite élaborer de réels partenariats avec les associations représentatives des personnes en situation de handicap.
Depuis le 1er mars 2011, l'APF a créé une « Région Alsace » animée par Erwann Delepine, nouveau Directeur Régional en remplacement de Françoise Demange qui dirigeait l'inter-région Alsace-Lorraine.
L'échéance de mise en accessibilité des établissements recevant du public (ERP) au 1er janvier 2015 n'a pas été oubliée et le préfet de région y a été sensibilisé.
En 2012, le Conseil APF de la région Alsace travaille entre autre à l'élaboration des États régionaux de l'Inclusion prévus pour mars 2013 à Colmar.